Działaniami Funduszu zarządzają Narodowe Instytucje Zarządzające. W Polsce jest to Fundacja Rozwoju Systemu Edukacji, a na Litwie Departament ds. Młodzieży przy Ministerstwie Opieki Socjalnej i Pracy. Więcej informacji o NIZ znajdziecie na http://www.plf.org.pl/fundusz/narodowe-instytucje-zarzadzajace