Organem kierującym Funduszem jest Komitet mianowany przez premierów Rządu Rzeczpospolitej Polskiej i Rządu Republiki Litewskiej. W jego skład wchodzi osiem osób, po cztery z każdego kraju. Pracami Komitetu kieruje dwóch przewodniczących. Komitet decyduje o podziale i wykorzystaniu środków finansowych, ustala kryteria ich przyznawania oraz coroczne priorytety konkursu wniosków. Kadencja członków Funduszu przewidziana jest na dwa lata. Wszystkie decyzje Komitetu podejmowane są w formie uchwał tłumaczonych na języki polski i litewski. Komitet działa w oparciu o Regulamin Polsko-Litewskiego Funduszu Wymiany Młodzieży.
Od roku 2011 członkami Komitetu są:
POLSKAClaudia Torres-Bartyzel – Dyrektor Departamentu Funduszy Strukturalnych Ministerstwa Edukacji Narodowej, Przewodnicząca Komitetu Funduszu
Zbigniew Ciosek – Radca Prezesa Rady Ministrów w Departamencie Spraw Zagranicznych Kancelarii Prezesa Rady Ministrów
Tomasz Bratek– Zastępca Dyrektora Generalnego Fundacji Rozwoju Systemu Edukacji
Olga Jabłońska - Attache Departamentu Dyplomacji Publicznej i Kulturalnej Ministerstwa Spraw Zagranicznych
LITWA
Laimonas Talat-Kelpša – Radca Prezesa Rady Ministrów Republiki Litewskiej,
Przewodniczący Komitetu Funduszu
Juozas Meldžiukas– Zastępca Dyrektora Departamentu Młodzieży, Ministerstwo Opieki Socjalnej i Pracy
Lina Saulėnaitė - III sekretarz Wydziału Krajów Nadbałtyckich w Departamencie Europejskim Ministerstwa Spraw Zagranicznych
Algimantas Šimaitis – Dyrektor Wydziału Opieki nad Dziećmi i Młodzieżą w Departamencie Edukacji Ogólnej Ministerstwa Edukacji i Nauki Republiki Litewskiej